1991年のソビエト連邦崩壊後、ロシア連邦は市場経済への移行を目的とした改革を開始します。改革の実現には特に人材育成が重要な役割を果たすと考えている日本政府は、ロシア連邦へ多様な技術支援及びビジネスにおける日本の経験の伝達を行うことを決定します。支援を実施する施策の中に、モスクワ及び他都市における日本センター設立が含まれています。日本センターは日本国政府により設立・管理されており、ロシアの専門家の育成及び教育基盤の役割を果たしています。
最初の日本センターは1994年10月にモスクワのG.V.プレハーノフ記念ロシア経済アカデミー付属「モスクワ国際高等ビジネススクール（略称「MIRBIS」）」内に設立されました。続いて1994年11月にハバロフスク、1996年4月にウラジオストク、1996年9月にサハリン、2001年1月にモスクワ国立大学内、2001年3月にサンクトペテルブルク、そして2001年10月にニジニー・ノヴゴロドで日本センターが開館しました。全ての日本センターは独立非営利法人「貿易経済交流発展のための日本センター」の組織構造に含まれています。